Для dbf - версии:
1. Откройте таблицу 1ssystem.dbf редактором баз данных ( DBU, DBED или другим).
2. Очистите содержимое полей DBSIGN и DBSETUUID.
3. Удалите файлы 1sdbset.dbf, 1sdbset.cdx, 1sdwnlds.dbf, 1sdwnlds.cdx, 1supdts.dbf, 1supdts.cdx (можно не удалять - просто они больше не понадобятся).
4. Откройте Конфигуратор и выполнить сохранение конфигурации.Внимание! Не забудьте сделать резервную копию.

Для SQL - версии:
1. Сделайте выгрузку данных.
2. Создайте новую ("чистую") dbf - базу, загрузить в нее выгруженные данные и сохранить изменения.
3. Далее см. пункты 1-3 для dbf- версии.
4. Выгрузите данные из dbf -базы.
5. Откройте исходную SQL - базу и загрузить данные, выгруженные из dbf- базы.
6. Сохраните изменения.

Здесь можно узнать как сделать базу нераспределенной для 1С:Предприятие 8